翁同龢也心疼年幼的皇帝，能为他做主的地方则多以庇护。
据说有一次慈禧生病了，宫里人都专心照顾慈禧。
留在光绪帝身边的奴才，彻底无视了光绪帝。
年幼的光绪帝自己铺垫床铺，端茶倒水，因为力气小抓不稳，手都被热水烫起了血泡。
翁同龢无意中撞见，立马开口将一干奴才都给训斥了。
那一刻光绪帝似乎找到了依靠，抱着翁同龢大哭，细数着奴才们的过错。
还有一次，由于光绪学累了，翁同龢便让他活动一下，光绪淘气，竟扯着翁同龢的胡子，和他逗笑。
也正是因为翁同龢不古板严苛，光绪和他的情谊极为深厚，甚至到了难以分离的地步。
所以为何光绪帝信任翁同龢，使得翁同龢官居高位？
全在于此。
光绪八年，由于云南军费报销有非法之嫌，再加上中法之间需要有人交涉，桩桩大事都需要人去处理，而朝中可用之人寥寥，因此，翁同龢又被任命为军机大臣，负责处理相关事宜。
翁同龢果然不辱使命，经察实，发现云南巡抚杜瑞联为了非法报销军费，曾向军机大臣周瑞清、王文韶等人行贿万两白银，最终达成心意。
此案完结后，翁同龢得到了慈禧的称赞和信任。
翁同龢在任刑部右侍郎期间，处理了很多案件。
其中最有影响的是他为当时轰动全国、百余年来家喻户晓的杨乃武与小白菜这一冤案的平反昭雪。
光绪元年(年)十二月，浙江绅士汪树屏等以"复审疑狱有官员间相袒护的事实"联名向都察院控诉。
于是皇帝和太后开始关注此案。
此时，恰值翁同龢擢升刑部右侍郎，直接负责重大案件的审办，他细阅全部案卷，发现供词与诉状的疑点和漏洞甚多。
在询阅了杨乃武姐姐的呈词和浙江绅士的联名控诉，走访了浙江籍的京官，听取了刑部经办人员的各种意见之后，经过认真研究，讯问犯人，调查证人，重新检验尸骨，终于查清葛品连系病死而非中毒死亡。
至此，杨乃武与小白菜冤案得以平反。
办理此案的大小官员以及做伪证的证人全部受到惩治。
此案可谓晚清中国狱讼、法制体系自我完善的典型。
而翁同龢忠于职责、为平民平反的职业精神，也可谓一代帝师应有的风范。
有一件流传很广的轶事，可以间接说明了翁同龢的为官之道。
光绪每天要吃四个鸡蛋，御膳房开价是两白银。
价格如此之贵，光绪便把鸡蛋当成了宝贝。
有一天，光绪问翁同龢是否吃过这种名贵之物，翁同龢明明知道光绪被御膳房骗了，却不和光绪说真话，只是说家里祭祀的时候才用鸡蛋的，帮着御膳房的蛀虫们继续蒙骗皇帝。
翁同龢这样做是怕断了御膳房那些人的财路，所以才装糊涂的。
这件事情以后，光绪继续吃着高价的鸡蛋，翁同龢却得到了宫里宵小们的好评，都说“翁师傅会办事”。
欺上而取悦于宵小，可见翁同龢的人品，联系到在国家大事上意气用事掣肘李鸿章，翁同龢遭到朝廷的贬斥实在是再应当不过了。
鸡蛋事情虽小，却反映出晚清官场是多么的荒唐腐烂。
皇帝不谙时事，近旁的老师、重臣又不讲实情，这样能办好什么事情？国家怎么能好？
然而，意外的事情在朝堂从来都不稀奇，即便是这样如君父一样地位而且在官场上如此通达老练的翁同龢，终于有一天，也走到他政治生涯的尽头。
年月日，旧历清光绪二十四年四月二十七日，为当朝帝师、协办大学士兼户部尚书翁同龢岁生日。
凌晨一时许，京城开始下起了小雨，渐渐地越下越大，年迈的翁大人以为是个好兆头，喜而不寐。
晨起，郑重其事叩头如仪，然后乘轿子入宫上班，批阅各地报来的奏折，治事如常。
翁师傅万万想不到他的政治生涯竟然在这一天戛然而止。
早朝时，翁同龢如同往常一样与各位大臣准备进入会议大厅，突然宫中主管宣布翁同龢暂时不要进来。
各位大臣进去后，翁同龢感到事情似乎有点不对头，遂独坐看雨，随手将一些看过未看过的奏折等文件五匣整理出来交给苏拉英海。
大约一个小时后，同人退，宫中太监向翁同龢宣读朱谕
协办大学士翁同龢近来办事多不允协，以致众论不服，屡经有人参奏，且每于召对时，咨询事件任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜任枢机之任。
本应察明究办，予以重惩，姑念其毓庆宫行走有年，不忍遽加严谴，翁同龢著即开缺回籍，以示保全。
钦此。
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