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由于日寇侵略台湾，派兵占台南琅硚、牡丹等地，清廷委任沈葆桢为钦差大臣，督办台湾军务，并兼理各国通商事务。
沈葆桢到了台湾，积极加强战备，坚守城池，不久就迫使日寇知难而退，遵约撤兵。
沈葆桢守住台湾后，立即着手进一步的开发，实施了开禁、开府、开路、开矿四大措施。
光绪元年，沈葆桢上奏折又提出三项改革废除严禁内地人民渡台的旧例
废除严禁台民私入"番界"的旧例废除严格限制"铸户"、严禁私开私贩铁斤及严禁竹竿出口的旧例。
沈葆桢提出的这些改革，主要是为了推动台湾土地的开发、特别是后山的耕垦。
而且有利于巩固海防，同时对促进东部的开发和汉族与原住民的交往都有重要的意义。
与此同时，沈葆桢对台湾行政体制也提出并实行了一些改革，主要有在艋舟甲创建台北府，增设恒春、淡水两县，改原淡水厅为新竹县，原噶玛兰厅为宜兰县。
如今我们熟知的台北市，新竹市和宜兰县的名字就是这样得来的。
至于加强海防的具体措施，如建设新式炮台、购买洋炮及军火机械，购买铁甲舰，练水雷军等等，在沈葆桢的主持下，都在一一加紧进行。
上述改革措施的实行都得到了清政府的允准，因而加强和改进了清政府对台湾的治理，促进了台湾的进一步开发。
说一些沈葆桢的趣事吧！
沈葆桢长相一般，个子偏矮，而且小时候还非常多病，好几回差点病死。
而林则徐能够将小女林普晴嫁给他，也是早就看好沈葆桢的前程的。
沈葆桢多才好学，室名"夜识斋"，尤工于书法，笔意苍劲，法度谨严，间作山水。
其诗词也经常得林则徐指点。
最为有名的一次，是沈葆桢书咏月诗一首，请林公过目，其中两句曰"一钩已足明天下，何必清辉满十分"，颇显自傲。
林则徐看后，思考片刻，拿过笔随手把"何必"的"必"字改为"况"字，使诗句成了一钩已足明天下，何况清辉满十分。
沈葆桢看后，十分羞愧，因为虽然是一字之差，但意思却大相径庭，由自满的口吻变成了壮志凌云的生动写照。
林公的谦虚进取之心跃然纸上，令沈葆桢佩服不已。
沈葆桢与妻感情甚笃，从其贫穷之时夫妻相互扶持的家事中可以看出。
两口曾相伴赴京赶考。后来，沈葆桢中进士，入翰林院，直至外放九江知府，还是过着贫穷的生活。
抵省城赴任时的沈葆桢，身无分文，向人借的盘缠大约一百多两银子。
至省城后，他租了二进三间排的房子，每月租金是足纹十一两五钱，他为此发出了"屋价之贵，可谓极矣"的感叹!
但接着他又借两银子寄给妻子。
在房价飞涨上天的今日，时人对此不知如何感想。
沈葆桢安顿就绪，书写长信一封，其后附长诗一首，表达对爱情的忠贞。
诗中写道
忽闻犬吠便心惊，望眼如穿万里程。
一穗残灯人不寐，夜深独自听车声。
生生世世许同心，一刻体谅十万金。
身似鸳鸯分不得，寒宵况是病中荼。
……别来新梦太分明，说与君知君莫惊。
君处春来又春去，人间天上几书生。
本来沈葆桢虽然是晚清时期的重要大臣，政治家、军事家、外交家、民族英雄。中国近代造船、航运、海军建设事业的奠基人之一，但是与我们的故事关系并不是很大，为何要引出沈大人呢？
是因为沈大人对台湾的一系列政策，惠及了许多台湾的居民，其中一家姓邢的富户，就与当时在台湾驻守的沈葆桢的部属相熟，从而将自己的长子送往南洋水师中任职。
其独生女儿邢幼敏曾女扮男装，进入了福建船政学堂读书，并于毕业后留学欧洲，足迹遍布英法德等国，是一位非同寻常的奇女子。
船政学堂是清朝船政大臣沈葆祯在年于福建福州马尾港所设的海军学院，又称福建船政学堂，福州船政学堂或马尾水师学堂。
船政学堂最初称"求是堂艺局"，是专门为福建船政培训人材而设。
学堂成立之初即聘用外国教习教授造船、航海等专业知识，毕业生中优异者更会被派往西欧各国深造。
船政学堂被称为中国海军摇篮，除了是近代中国首家海军及航海学院外，它亦是首家现代军事学院，和首家现代专业院校。
船政学堂的毕业生不少成为北洋海军的高级将领外，部份亦成为中国近代的著名知识份子。