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蔡元培任职北大校长的最后一个学期，是在极其艰难而困苦的条件下度过的。整个的月，他与京城的七所国立中学的校长，几乎什么都没干，就做了一件事——找政府要钱。
这个时候的他，如果有人问他，对于一个校长，最需要的是什么，他会毫不犹疑的回答是钱。所谓，一文钱难倒英雄汉，有啥别有病，没啥别没钱。
这个时候，常挂在他嘴上的话是，“解决经费困难，实一最大而最重要之事。”
是呀，开学在即，到处都需要钱，但学校却“不明一文，教育费积欠在个月以上”。
这时候，北京的傀儡总统已经换上了黎元洪，前面已经说了，他面临是怎样的财政状况。在某种意义上可以说，黎元洪第二次下台的直接原因就是穷。
从政府那里要不来钱，学总是要开的。但老师马上要开始新学期讲课了，印讲义的钱都没有。本来就欠着老师们的工资，总不能让他们拿自己的钱印讲义吧！
大事办不了就解决小事吧，能干点啥就干点啥，没有办法，蔡元培和大家商量后，决定和学生收点讲义费，没想到竟闹出一场“北大讲义费的风波”。
有文章这样记载“北大讲义费的风波”
蔡先生何等温文尔雅的人物，怎么会打人？你这不是造谣吗？
蔡先生要打人，是有记录的，并非捏造。
蒋梦麟先生在《西潮》里面写到“‘你们这班懦夫！’他(蔡元培)很气愤地喊道，袖子高高地卷到肘子以上，两只拳头不断在空中摇晃。‘有胆的就请站出来与我决斗。如果你们哪一个敢碰一碰教员，我就揍他！’”
“要不是蒋先生明确写了，实不敢相信这是温文尔雅的蔡先生干出来的事情。
看，蔡先生就是蔡先生，要打架都说“请站出来与我决斗”，多文雅啊。
这是年的事情，蔡元培先生已经五十四岁了，干吗要跟学生拼老命呢？竟然是为了收讲义费。
上学收书本费，或者教材费，这天经地义的事情，蔡先生至于如此愤怒吗？
把老实人逼到这份儿上，说起来是北大的学生太过分了。
原来，五四运动之后，挟爱国胜利之余威，北大的学生组织力量十分强大，学生的许多事情学校不能干涉。这本来是学生自治的一大成就，使北大思想越发活跃。然而，物极必反，既然无人管束，学生中毛猴子倾向的家伙也逐渐翘起了尾巴。
于是，人们形容当时的北大“你爱上课，可以，你不爱上课，也可以，你爱上你爱上的课而不上你不爱上的课，更是天经地义的可以！总之，一切随意”。
到了后来，学生们越发放肆起来，宿舍是自行分配，甚至可以住家里亲眷，学校也不能过问。
这就有点儿说不过去了。
再后来，学生代替学校决定聘任或者解聘教员。
如果某位教员主张考试严格，学生马上罢课教训之。
这样的学校恐怕谁都办不下去了，而压倒骆驼的最后一根稻草是讲义费风波。
所谓讲义费风波，是指年月北大学生拒绝缴纳讲义费引发的风波。按说，学校这费用收得毫无问题。印讲义的钱不是白来的，收学生的也只是工本费，而且你有本事可以不要嘛！
但大多数学生认为，应该是既不交钱，还要给讲义。
要讲课不能没有讲义，没有钱如何能印讲义，蔡元培只能硬着头皮坚持。
而学生就此闹起事来，对代总务长沈士远进行围攻。学校里到处贴满谩骂沈士远的条子，更有人高呼“打倒沈士远！”
沈士远吓跑了，学生们接着去校长室，蔡元培苦口婆心讲了一天，总算让学生们暂时回去了。
第二天上班，蔡元培进校长室没多久，校长室外又围了好几百号人，领头的是山东好汉冯省三。
只听见他不断地大喊“我们打进(校长室)去，把他们围起来，把这事解决了！”
有人进一步起哄“到会计科把讲义券烧了！”
群情激奋，喊声如雷，危机一触即发。
北大学生可是能文能武，当年曾建有学生军。