但是到了晚明，海禁逐渐松弛之后，巡洋会哨制度便逐渐产生了一系列弊端。
明前期的沿海巡哨军原本以卫所旗军为主体，虽有召募，但仅为少数，且不成经制，多是临事而发，事罢裁汰。
而正统以后，随着屯田制的破坏，以世袭军户制度为基础的卫所制也日益消耗，沿海卫所旗军亦多有逃亡。
一些军官为了得到缺额的军粮，对逃亡者多敷衍塞责，有的甚至索取贿赂，放任军士离去，以致逃亡者的数量愈来愈多。
类似的卫所体制衰退，在明朝各地都有发生，迫使朝廷在水师上也开始用募兵制作为补充手段。
但因为明朝的经济一直处于萧条状态，朝廷也不可能长期维持大规模的募兵数量。
在土地依然用于维系卫所制前提下，数额不多的粮饷是征募部队的唯一犒赏。
而且由于水军兵种的特殊化，为了断绝地方上的利益纽带，朝廷又规定所招募的部队都必须到异乡服役。
比如将相对内陆的山区壮丁，雇佣到沿海地区作战；又将广东沿海的海员，招募到福建去对付倭寇。
在戚继光的戚家军成功的同时，各种类似维系模式的军队，成为了明朝控制沿海的中坚，但其中的绝大部分，又根本无法获得戚家军才有的待遇。
譬如俞大猷平定的那场柘林水兵兵变，就是因为水兵不满于军中待遇低下，这才在接到俞大猷的北上调令后，立刻决定发起哗变。
到了万历一朝，这种情况在东南沿海地区变得极为突出。
沿海各省地方供给水军士兵的粮饷，原是出自两税征解麦米、渔税、商税、屯粮、盐利、课钞等地方税收。
一旦地方上出现偷税漏税、虚冒支领、征解不及时等现象，水军就会被拖欠军饷。
而这几种现象，在晚明又常常在沿海各省出现，因此水兵的招募和补充往往是一个难题。
到了嘉靖时期，各地开始普遍采用行营哨制，也就是抽调卫所军来补充营军。
卫所抽调出来的战士，在营中即为兵，如果战备结束，回到卫所，则仍然为卫所军。
虽然在营哨制下，官员管理人数的减少使得其更加便于管理，同时更加便于灵活的作战，但这种制度离建设战斗力强的先进水师目标却有一定差距。
“洋人都还没开这口呢，老娘娘倒先担心上了。”
朱翊钧淡笑道，
“再者，募兵治军无非是正清税源和清查虚冒军丁这两项，别的还能有甚么？”
李太后见朱翊钧转移了话题，也不过是笑了笑，随即提醒道，
“我是怕皇上一动用水军，外臣们就开始提要助济军饷，接着就又是要在地方上加税。”
“从前胡宗宪任浙直总督时，为了对付倭寇，就请求于常赋外加派‘提编’，在民间以银力差排编十甲，如一甲不足，则提下甲补之。”
“其后，又以民壮工食等名目搜括名山寺院香钱、缺兵饷银、脏罚银、山荡税等饷支用度。”
“加税助晌，虽济一时之急，却使浙省民力大困，小民生计无着，倘或官府催逼甚急，则民转化为盗，再用兵剿除，则又得费饷。”
“若民间搜括已尽，军需亦无处可补，当年科道官陆凤仪弹劾胡宗宪‘欺横贪淫’十大罪状，虽说他是为了献媚徐阶，但其疏中之言也并非全然是空穴来风。”
朱翊钧笑笑，道，
“老娘娘还是少听外头那些子闲言碎语，胡宗宪当年是‘严党’，先帝都给他平反了，老娘娘倒无端提起这话来了。”
“再说，胡宗宪之事，其中多有可议之处，连《世宗实录》都不一定作得准数。”
“这《世宗实录》是由徐阶任总裁官主修，张居正续修，自然对‘严党’成员多有贬词，胡宗宪‘总督银山’之恶名亦来源于此。”
“老娘娘即使要劝朕爱惜民力，也不应以胡宗宪之事为例。”
“如今朝中党争并不似世宗皇帝在时，朕又一向克勤克俭，老娘娘长居后宫，还是多保养、少费神得好。”
李太后笑了一笑，见皇帝如此回覆，也只能点到为止，
“洋人的事，该说的我都说了。”
“皇上是有大谋略的人，不像你四弟只懂吃喝享乐，其他事体一概都上不了他的心。”
李太后此言，摆明了就是不想让皇帝于洋人的事上再差遣朱翊镠。
不料，朱翊钧闻言却笑道，
“这倒不然，老娘娘的事，四弟还是上心的。”
这话不真也不假，弄得李太后一下子竟不知该怎么接口。
朱翊镠开口笑道，
“臣与皇上一同向老娘娘尽孝，皇上有多对老娘娘的事上心，臣就有多对老娘娘的事上心。”
朱翊钧笑道，
“可不是，你我兄弟，遇上甚么事，总得分担着来做才对。”
朱翊镠将口中的熟枣咽下，忽然站起身，朝着朱翊钧复行了一礼，道，
“是，皇上有命，臣不敢不从。”
朱翊镠说这话的时候仍是笑嘻嘻的，脸上仍是一派风淡云轻的天真。
朱翊钧细细端详他的面孔，竟一时分辨不出他是否在“不说假话”。