开始审理的时候，施凤来还在抵抗，拒不交代巨额财产的来源，直到乔允升告诉他，锦衣卫早就在调查他，已经混进他的府邸了。↖，
施凤来顿时面如土色，他明白了，是皇帝，是皇帝准备在朝廷立威，而自己因为有眼无珠，就成了皇帝立威的牺牲品。
明白了自己的处境，施凤来不再抗拒乔允升的任何问题，其实到了这个时候，施凤来即使闭口不言，也是无法逃脱律法的制裁，这么多财产来源不明，说到底都是个死。
施凤来被押下去的时候，还不忘调侃乔允升：“乔大人，下官，不，犯官我的今天，就是你等的明天，既然皇上在我的身边安放锦衣卫，难道就不在再你的身边安放？哈哈……犯官要先走一步了。”
乔允升默然不语，他挥挥手，让人将施凤来带下去。
东林党在朝中的势力，依然相当大，但那是对于百官们来说，在建立巨大军功的朱由检面前，他们还不敢放肆。
再说，从施府的确查抄了数额惊人的财产，施凤来贪墨可谓是板上钉钉的事，如果这时候为了施凤来向朱由检求情，搞不好就会惹祸上身。
大臣们逐渐明白了朱由检的手段。
司法院很快就对施凤来贪墨一案，进行了宣判：施凤来因为贪墨数额特别巨大，斩立决，家人流放岭北省，所有财产全部没入国库。
施凤来的案子还牵涉到许多朝中的官员，但朱由检不愿牵连太广，让朝政处于真空的状况，而且很多都是朱由检登基之前发生的事情，司法院也就没有再行立案，但朱由检将案件涉及到的大臣们，召集至乾清宫，狠狠训斥了一顿。
再次召开朝会的时候，国防院院长李春烨又一次提请朝堂讨论军事改革草案，由于其中的三条已经获得朝堂通过，朱由检只让大臣们再次讨论军人封爵的事。
大臣们都是面面相觑，谁也不敢乱说话，那意思很明显，反对最激烈的人，现在已经是阴阳两隔了，谁还愿意向枪口上撞？但我们不支持你的政策，你要是愿意，就唱你的独角戏好了。
半响无人应答，黄立极提出折中的方案：“陛下，臣建议，既然军人可以按照军功，授予一定的爵位，那么文臣如果能为国立功，或者在自己的岗位上做出特别的贡献，也可以封爵。”
朱由检赞叹，黄立极不愧为良相，“黄爱卿说得不错，既然是封爵，文臣应该也有份，只要他们能为国立功，无论是守土、开疆，还是在平凡的岗位上为大明做出杰出的贡献，都可以封爵。”
大明原来就有爵位制，只不过以前只有公、侯、伯三等爵位，爵位人数偏少，除了宗室，能获得封爵的文臣，真是凤毛麟角，大臣们想要封爵，实在是难。
现在朱由检同意了黄立极的建议，将五等爵位推广到文臣，那文臣封爵的机会，也会大大增加。
李春烨、阎鸣泰、秦永年、曹文诏等国防院的人，首先表达了对朱由检的支持，他们并不反对文臣封爵，只要不影响军人封爵就行。
随后，乔允升、唐济世、毕自严等人也表示了支持意见。
在他们的带动下，大臣们一致支持朱由检和国防院的军改草案。
虽然有少数人还是准备反对，但朝堂通过这项改革，已是不可逆转，他们再也不会像施凤来那样，与皇帝硬杠了。
第二次军事改革的四项内容，全部在朝堂获得通过，虽然朱由检用清查贪墨的方式，逼迫大臣们同意这项方案，有点胜之不武，但朱由检已经顾不上这么多了。
他一定要在朝堂立威，否则将来要向某些别人不太重视的地方用兵，或者推行某些别人不能理解的改革，朝中那些不开眼的大臣们，怕是又要掀起巨大的反对浪潮。
从长远来看，要让大明建立现代国家，就必须削弱皇权，但现在还不是时候，现在必须加强皇权，利用中央集权的优势，为大明谋取更大的外部利益。
在民智得到充分开化的情况下，才能慢慢削弱皇权，最后向君主立宪过渡，这样才能保证大明万世不倒。
将来还会有变革，国家也可能出现不可调和的矛盾，但这些矛盾只是通过政治斗争来解决，而不是摧毁一切社会财富、甚至引起国家分裂的军事内战，自己的子孙也不会被新的王朝斩草除根。
大明崇祯四年（公元1631年）八月一日，朝廷终于决定收复台湾。